Studium Organistowskie w Bydgoszczy zostało powołane dekretem metropolity
gnieźnieńskiego abp. Henryka Muszyńskiego – 18 czerwca 1999 roku (N.2731/99/Abp) w celu zaspokojenia potrzeb Kościoła w zakresie muzyki kościelnej na terenie miasta i najbliższych okolic. 3 lipca 2000 roku abp erygował Studium Organistowskie Archidiecezji Gnieźnieńskiej w Bydgoszczy, zatwierdzając jego statut. Na podstawie tej decyzji studium może realizować własny program nauczania. (Podstawa prawna: Ustawa o stosunku państwa do Kościoła Katolickiego w RP z dn. 17.05.1989 r.). Patronami studium są święci: Cecylia (22.11) i św. Jan Chrzciciel (24.06).  Od 25 marca 2004 roku studium działa w strukturach diecezji bydgoskiej. Pierwszym dyrektorem został ustanowiony ks. Janusz Tusk, który swoją funkcję pełnił do 26 sierpnia 2022 roku. Dekretem bp. Krzysztofa Włodarczyka od 27 sierpnia 2022 roku jego następcą został mianowany ks. Łukasz Kucharski.
W roku szkolnym 2022/2023 Diecezjalne Studium Organistowskie rozpoczęło działalność pod kierownictwem nowego dyrektora ks. Łukasza Kucharskiego.
Dekretem ks. biskupa Krzysztofa Włodarczyka z dnia 8 maja 2023 na stanowisko wicedyrektora Diecezjalnego Studium Organistowskiego została powołana dr hab. Anna Szarapka.
Do sierpnia 2022 roku Studium miało siedzibę przy kościele parafialnym pw. Św. Stanisława Biskupa i Męczennika na Siernieczku, gdzie proboszczem jest ks. Janusz Tusk. Od września 2022 roku Studium zmieniło siedzibę i rozpoczęło swoją działalność przy Centrum Edukacyjno-Formacyjnym Diecezji Bydgoskiej w pomieszczeniach Domu Polskiego przy ulicy Grodzkiej 1.